Nadat je een doorbraak in de insluiting hebt meegemaakt, ontvouwt zich een verschrikkelijke situatie als vreemde wezens je wereld binnenvallen. De Orde, een mysterieuze militaire sekte, is op een missie om zowel de monsters als het personeel van de faciliteit te elimineren. Als slimme wetenschapper met een Ph.D. op verschillende gebieden, waaronder plantengeneticus, defensieanalist en bouwkundig ingenieur, beschik je over de vaardigheden die nodig zijn om door deze chaotische omgeving te navigeren. Om te overleven moet je de ondergrondse faciliteit verkennen, je karakter ontwikkelen, jezelf uitrusten en proberen te ontsnappen uit een complex vol bovennatuurlijke artefacten, transdimensionale vijanden en mislukte wetenschappelijke experimenten.

Abiotic Factor presenteert een unieke coöpervaring met een sciencefiction-twist uit de jaren 90, die doet denken aan Lethal Company en een SCP-game. Spelers kunnen er ook voor kiezen om deze reis alleen te ondernemen, wat een extra uitdaging aan het spel toevoegt.